Para resolver el problema del FQCN en las anotaciones (y todo el parsing de las anotaciones en sí) podrías usar el de Doctrine2. En la documentación se ve que es un tanto complicado, pero es que en realidad el tema de las anotaciones _es_ complicado (e.g. lo del FQCN requiere que tengas un autoloader propio).

https://github.com/doctrine/annotations

http://docs.doctrine-project.org/projects/doctrine-common/en/latest/reference/annotations.html